HISTORIA:
El actual territorio del departamento estaba habitado en la época
precolombina por numerosos grupos indígenas, muchos de los cuales,
gracias al hábitat selvático, sobreviven a los embates de la
"civilización"; entre ellos, son los más numerosos los cubeos, desanos,
guananos y tukanos, del grupo lingüístico Tukano.
Los primeros conquistadores del territorio fueron Hernán Pérez de
Quesada en 1538 y Philip Von Hutten en 1541; durante ésta época formaba
parte de la provincia de Popayán.
Un siglo más tarde llegan las primeras misiones jesuitas (1657) y los
carmelitas (1695), provenientes desde Brasil. Desde 1750 se fundaron
numerosos pueblos misioneros y fuertes portugueses que luego
desaparecieron.
El gobierno de la Gran Colombia (1821-1830) lo destino al departamento de Boyacá y luego pasó a formar parte del Territorio del Caquetá, hasta 1857, cuando, junto con este, fue jurisdicción del Estado del Cauca y luego (en 1886) del departamento del Cauca.
A partir de 1880 se inició la penetración de misiones franciscanas
provenientes del Brasil, que concentraron a los indígenas en aldeas de
hasta 2.000 habitantes, lo que culminó con revueltas indígenas entre
1910 y 1920. En esta misma época se produjo la expansión de la
explotación del caucho, que acarreó la extinción de la mayoría de su
población indígena, realizándose la verdadera conquista del territorio.
El decreto 1131 de 1910 creó la Comisaría del Vaupés,
segregada del antiguo territorio del Caquetá; entre 1914 y 1917 los
misioneros monfortianos realizaron varias fundaciones en el territorio, y
desde 1943 se establecieron misiones protestantes. Entre 1969 y 1970,
la resistencia indígena apoyada por los misioneros logró expulsar los
remanentes de explotación cauchera. Anteriormente a esta situación, las
leyes 18 de 1963 y 55 de 1977 segregaron del Vaupés las comisarías del Guaviare y Guainía, con lo cual la comisaría del Vaupés adquirió su configuración actual. La constitución de 1991 la elevo a la categoría de departamento.5
Hasta 1936, la capital de Vaupés fue Calamar (hoy localidad del departamento de Guaviare), pero la necesidad de afirmar la soberanía en la frontera con Brasil hizo que la capital se trasladara a la recién creada población de Mitú, sobre el río Vaupés, muy cerca de la frontera.